첨부한 매뉴얼이 꽤 쉽게 설명되어 있다고 생각했는데, 어려워하는 분도 계시군요.
최대한 알기 쉽게 순서대로 알려드리겠습니다.

1. 프로그램실행
2. FILE - OPEN VIDEO FILE - 동영상 파일선택 - 열기
3. FILE - SAVE WAVE - 임의의 파일명 입력 - 저장
(이 과정을 마치면 WAV확장자로 음원파일이 생성됩니다)
4. VIDEO - DIRECT STREAM COPY
5. AUDIO - FULL PROCESSING MODE
6. AUDIO - BROWSE FOR AUDIO - 3단계에서 만든 WAV파일 선택 - 열기

*AUDIO - COMPRESSION - 적당한 코덱 선택, 비트레이트 변경
(이 과정은 반드시 필요한 것은 아니지만, 원본파일의 큰 용량이 부담스러우신 분은 해보세요. 원본파일이 영상이 800kbps인데 반해 음향은 1400kbps나 되기 때문에 MP3 320k정도로 바꾸셔도 3~400메가 정도 용량이 줄어듭니다)

7. AUDIO - INTERLEAVING - AUDIO SKEW CORRECTION - DELAY AUDIO TRACK BY □
(이 부분이 가장 중요합니다! □부분에 적당한 수치를 입력하면 오디오 싱크를 앞뒤로 조정할 수가 있습니다. 단위는 밀리세컨으로 1/1000초입니다. 오디오 부분을 앞으로 당길때는 앞에 -를 뒤로 미루려면 +를 붙여주고 해당하는 시간을 입력하면 됩니다. 예를 들어 화면보다 오디오가 약 0.5초 정도 늦는 경우는 -500을 입력하면 됩니다.)

8. 설정을 다 마치면 FILE - SAVE AS AVI - 임의의 파일명 입력 - 저장

여전히 싱크가 맞지 않는 경우 7단계 시간을 미세하게 조정하는 과정을 반복하면서 조정해보세요.
제 경우는 파트2는 크게 이상이 없었구요. 파트1은 -450으로 하니까 맞았습니다.

그리고 이 방법은 처음부터 싱크가 안 맞는 경우에 가능한 방법입니다. 처음에는 제대로 맞다가 중간부터 이상해지는 경우는 매뉴얼에 보면 방법이 나와있기는 하지만, 꽤 까다롭기때문에 초보자가 하기는 어려우니 사실상 포기하는 편이 좋을겁니다.